La guerre de Corée (1950-1953) a évidemment affecté les communautés coréennes d'outre-mer. Parmi celles-ci, les Coréens du Japon ont été en première ligne du conflit, avec les Coréens de Chine qui ont fourni un grand nombre des volontaires chinois ayant combattu aux côtés des Nord-Coréens. L'AAFC revient sur les combats opposés des Coréens du Japon, frères ennemis pendant la guerre de Corée.

Le déclenchement de la guerre de Corée, le 25 juin 1950, a eu des conséquences directes pour la communauté coréenne du Japon, dont les membres avaient choisi de rester dans l'archipel nippon après la libération de leur pays de la colonisation japonaise en 1945. Le conflit a aiguisé les tensions, jusqu'aux affrontements, entre les partisans de la République populaire démocratique de Corée (RPDC, Corée du Nord) et ceux de la République de Corée (Corée du Sud).

La Mindan, qui fédère les Coréens pro-Sud vivant au Japon, a coordonné dès le mois d'août 1950 l'enrôlement de 750 volontaires coréens, partis combattre dans les rangs des troupes des Nations-Unies sous commandement américain. La plupart étaient membres de l'organisation de jeunesse et de l'association étudiante de la Mindan. Répartis entre cinq compagnies américaines, ils ont été très présents dans l'opération de débarquement du bataillon de l'ONU à Inchon, au sein de la septième division des troupes américaines. Parmi eux, 61 sont morts pendant le conflit.

Le gouvernement japonais, bien qu'officiellement neutre, a de fait favorisé les Coréens pro-Sud, et conduit des activités de répression visant non seulement les sympathisants de la Corée du Nord, mais aussi le Parti communiste japonais (PCJ), en application de la Loi de contrôle de l'organisation. Akahata ("Drapeau Rouge"), organe officiel du PCJ, a été interdit, et neuf dirigeants du PCJ arrêtés.

La Choryon, association des Coréens du Japon favorables à la RPDC, a été dissoute par les autorités japonaises. S'est alors constitué le Front démocratique unifié au Japon pour la réunification de la Corée (Minchon), qui a mené des actions de guérilla au Japon pour s'opposer aux actions militaires américaines dans la péninsule. La Minchon a conduit des opérations de sabotage dans les usines d'armement et lancé des attaques contre les bases américaines au Japon.

Des affrontements se sont produits entre l'ex-Choryon, d'une part, la Mindan et la police japonaise, d'autre part. Plusieurs incidents ont opposé les frères ennemis coréens au Japon : à Shimonoseki, le siège de la Mindan et 19 maisons de ses membres ont été attaquées par la Choryon. Des heurts particulièrement intenses ont eu lieu lors des manifestations du 1er mai 1952, au cours desquelles 700 membres de la Choryon et des militants du PCJ se sont rassemblé devant le palais impérial pour exiger le départ du gouvernement Yoshida. Les assauts de la police ont laissé un bilan de plusieurs centaines de blessés, dans les rangs tant coréens que de la police japonaise.

C'est toutefois dans les rangs des militants pro-Nord que l'on doit déplorer la mort d'hommes : en juillet 1952, des affrontements avec la police lors du rassemblement de plus de 1.000 anciens membres de la Choryon, réunis dans l'école Osu à Nagoya, ont fait un bilan de 1 mort et 19 blessés. 261 Coréens et 73 activistes japonais ont été arrêtés.

Ces épisodes tragiques de l'histoire des Coréens du Japon montrent que l'archipel nippon a aussi été le théâtre de conflits pendant la guerre de Corée, tout en cimentant l'opposition entre les partisans du Nord (alors majoritaires, avant les opérations de rapatriement en Corée du Nord) et du Sud. Le rapprochement intercoréen, engagé dans les années 1990, a eu ensuite des répercussions au Japon, en permettant des rencontres officielles entre la Mindan et la Chongryon, successeur de la Choryon - qui n'ont toutefois pas abouti à des actions communes, compte tenu notamment de l'opposition de la base de la Mindan.